Підземелля Острозької академії – частина музейного комплексу НаУОА. В період функціонування монастиря єзуїтів, підвали під костелом мали культове призначення і використовувалися для поховань заслужених осіб – фундаторів та меценатів, членів їхніх родин. Спеціально для поховань були призначені малесенькі кімнати в підземеллях – крипти. За час існування монастиря тут поховали 19 осіб. Серед відомих осіб – Ян Самуель Лубківський та його родина, а також родина Єло-Малинських, які були фундаторами обителі.
Після закриття монастиря в 1832 році, поховання знищили солдати царської армії, які були розквартировані в Острозі. А потім підземелля не використовувалися понад 160 років. У радянський час сюди скидали шлак із котельні та будівельне сміття.
Впорядкувати підземелля вдалося вже за часів відродженої академії. Перші студенти під керівництвом острозьких археологів розчистили усі підвальні приміщення. Простір підземель виглядає так, як виглядав за часів капуцинів, людські кістки, знайдені під час розчистки перепоховали в чотирьох бічних криптах.
Підземелля монастиря капуцинів – особливе і містичне місце. Усі, хто тут побував говорять, що не відчувають страху чи дискомфорту, а навпаки – умиротворення та особливу енергетику. Окрім того, в підземеллях розташовується підземна мистецька галерея, яка приваблює численних відвідувачів. Зараз відвідування підземель можливе лише під час екскурсій.