Jednym z duchowych sanktuariów Dubna jest kościół rzymskokatolicki Jana Nepomucena. Historia kościoła parafialnego w Dubnem sięga XVI wieku. Pierwsza znana świątynia była drewniana i stała w pobliżu późniejszego klasztoru Bernardynów.
Budowę kamiennego kościoła rozpoczęto po 1791 roku. Konsekracji kościoła parafialnego dokonał w 1830 r. miejscowy proboszcz Alois Osiński. Kościół należy do okresu późnego klasycyzmu i nosi imię patrona kościoła – czczonego czeskiego świętego katolickiego, księdza, męczennika Jana Nepomucena.
Odnotowano fakt historyczny, że 150 lat temu, w 1842 r., podczas prześladowań rosyjskiej autokracji wiary katolickiej w kościele miał miejsce cud eucharystyczny. Kiedy wierzące przyszli się modlić, w promieniach nad ołtarzem pojawił się Jezus z ramionami rozpostartymi nad ludźmi, jakby chciał ich wesprzeć. Kiedy wszyscy się modlili, Jezus nie zniknął. Fakt cudu jest odnotowany w dokumentach watykańskich.
W czasie I i II Wojny Światowej kościół był prawie nie uszkodzony. Aby przystosować świątynię na salę gimnastyczną, Sowieci całkowicie zmienili jej centralną fasadę i zniszczyli malowidła ścienne.
W 1990 roku budynek otrzymał status zabytku architektury. W 1991 roku kościół zwrócono wiernym i wznowiono nabożeństwa. Dziś zabytek architektury o znaczeniu lokalnym jest częścią Państwowego Rezerwatu Historyczno-Kulturalnego Dubna.