W roku 1371 we Włodzimierzu zostało stworzone biskupstwo katolickie. Pierwszym biskupem katolickim stał się Piotr z Zakonu Dominikanów. W XVI wieku księżniczka Hanna Zbarazka finansowała budownictwo drewnianego kościołu Jakima i Anny. Sprawę poparł Marcin-Bożydar Podgorodnieński. Został pogrzebiony w kościele jako mecenat. Jednak kościół drewniany został zniszczony przez pożar na początku XVII wieku.
W XVIII wieku zaczęło się budownictwo kościołu Jakima i Anny z cegły, przy wsparciu aktywnym biskupa łuckiego Adama Orańskiego. Zbudowany w stylu późnego baroku kościół został konsekrowany w roku 1752.
Kościół pełnił funkcję parafialnego (stąd nazwa «Fara», jaką dostał plac sąsiedni). Z części ołtarzy w kościele korzystały się mnisi-kapucyni, ponieważ ich klasztor znajdował się obok.
Architektonicznie kościół jest trójnawową bazyliką z dwiema czworokątnymi wieżami. Zachowane zostały zabytkowe płytki na podłodze i okna. Kiedyś w kościele były 9-głosowe organy, słynące ze swego brzmienia, i ikony XVIII – XIX wieku, lecz nie zostały zachowane. Zachowały się jedynie freski przedstawiające anioły na ścianach świątyni. Stylistycznie wnętrze jest zbliżone do rokoka.
W 1947 roku Kościół Jakima i Anny został zamknięty przez władze radzieckie, potem został przekształcony w sklep mebli, kawiarnię. Zaraz po zamknięciu wyjęto cenne dębowe ławki i organy. W roku 1991 kościół ponownie został zwrócony katolikom rzymskokatolickim. Dzisiaj jest czynny.